Влияние водных процедур на организм человека с лечебной или профилактической целью изучается гидротерапией. Лечебные свойства пресной и минеральной воды были известны издревле и упоминаются еще в индийских Ведах. Пифагор, Гиппократ, Асклепиад, Авиценна, Антоний Муса использовали эти знания для лечения многих заболеваний. Однако, научное исследование данного вида лечения началось лишь в XIX веке благодаря русским и европейским ученым.
Впервые термин «гидрореабилитация» как педагогическое и научное направление появляется по инициативе Российских ученых на международном симпозиуме «Biomechanics and medicine in swimming» в 1998 году в Финляндиии, с тех пор гидрореабилитация включена в программы многих международных конференций по реабилитации.
С 2000 года гидрореабилитация в России активно начала развиваться как учебная дисциплина на базе Национального государственного университета физической культуры, спорта и здоровья имени П.Ф. Лесгафта в Санкт-Петербурге на кафедре «Теории и методики гидрореабилитации».
С 2012 года в Санкт-Петербургском Государственном Педиатрическом Университете на кафедре “Реабилитологии ФП и ДПО” организованы курсы повышения квалификации для врачей реабилитологов по “Гидрокинезиотерапии”. С 2015 года курс повышения квалификации проводится на базе водно-оздоровительного центра Reasun.
В 2016 году создана Ассоциация медицинской и спортивной гидрореабилитологии – МСГР. (Association «Medical and sports hydro rehabilitation», ASSC «MSHR»).
В настоящее время гидрореабилитация активно развивается во всем мире и входит во многие международные стандарты по реабилитации для разных патологий и различных групп населения.